新辦一個男科醫院需要辦理醫療機構執業許可證，以下是具體的流程：

1. 提交材料。遞交醫療機構執業許可證申請表，以及搜集的相關證明材料。包括：申請表、醫療機構法人營業執照、衛生許可證、醫療器械經營許可證、藥品生產（經營）許可證，以及與屬地衛生行政部門簽訂的委托管理合同等文件。

2. 現場核查。衛生行政部門會派出工作人員對醫療機構的相關材料進行現場審核和檢查，需要檢查的內容包括醫院的基礎設施、醫療設備、醫療團隊、衛生管理等方面。

3. 報批。審核通過之后，衛生行政部門會將審核結果提交至上級衛生行政部門進行審批。

4. 領證。頒發醫療機構執業許可證，醫療機構執業許可證的有效期為三年。

需要注意的是，在辦理醫療機構執業許可證的過程中，醫療機構需要嚴格按照國家和地方衛生行政部門的規章制度進行申報、審核、備案等手續，確保手續齊備、資格符合要求，才能正式開展業務。